Conservation : les risques anthropiques
 
La mer Méditerranée est une zone extrêmement fréquentée par tous types de navires de croisière, de commerce, de transport de matières, etc. La zone des îles autour de Marseille est réputée par le nombre d’épaves de toutes époques. Le voisinage du port pétrolier de Fos-sur-Mer engendre un trafic toujours plus important au large de la grotte. Cela augmente le risque de naufrage avec éventuellement une marée noire. La côte n’est pas non plus à l’abri de dégazages même lointains (les courants marins concentrent dans la zone des Calanques les rejets faits entre le Rhône et le Pô). Un risque bactériologique existe en permanence dans la zone des Calanques. En effet, l’exutoire des égouts de Marseille et de l'Huveaune (fleuve côtier dont l'embouchure naturelle se situait en rade et polluait les plages du Prado et qui a été détourné en 1986. Il s'évacue maintenant dans les Calanques à Courtiou avec les égouts), qui se trouve à moins de 4 km au nord-ouest de la grotte, est en surcharge plusieurs fois par an, après les gros orages, et déverse dans la mer, en plus de la normale, des rejets non traités. De nombreuses autres communes situées à l’entour se débarrassent de la même manière de leurs eaux usées.
trafic maritime
Carte des navires de fort tonnage présents dans les environs de Marseille le 16 juin 2013 en fin de soirée. Sont représentés : - en rouge : les navires citernes ; - en vert : les cargos ; - en gris : les navires indéfinis ; - en bleu : les navires à passagers ; - en violet : les navires de plaisance. Les carrés représentent les navires ancrés ou amarrés. Les routes maritimes sont représentées en pointillés. Carte : www.marinetraffic.com. Données cartographiques ©2013 Google, basado en BCN IGN España.
 
exutoire 
Un des exutoires des égouts de Marseille dans les Calanques (photo J. Nardini) 
 
pêche toxique
Pêcheur dans les effluents des égouts à Cortiou, à proximité de la grotte (photo J. Nardini)